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Dockerbank: Biomedizinische IT-Lösungen als Container

TMF-Workshop zeigt große Nachfrage nach praxisorientierten Instrumenten zur Verwaltung von Software-Architekturen

16.09.2016 Biomedizinische Informatiker unterstützen Forschung und Versorgung mit innovativen IT-Werkzeugen und Diensten. Deren Evaluation, Installation und Konfiguration ist jedoch häufig komplex. Docker-Container erlauben es, Anwendungen mit einem einzigen Befehl zu laden und zu starten. In einem von der TMF veranstalteten Schulungsworkshop trafen sich am 9. September 2016 in Berlin Interessierte aus einem weiten Anwenderkreis (Routine-IT der Krankenhäuser, Institute, Forschungsverbünde, Studienzentren), um sich sowohl mit den theoretischen Aspekten der Docker-Architektur auseinanderzusetzen als auch in praktischen Übungen eigene Docker-Container zu erstellen.

Docker – die Anwendungsvirtualisierung auf Basis sogenannter Container – hat in den letzten beiden Jahren einen bemerkenswerten Aufstieg von einem kleinen Startup-Projekt zu einer von vielen namhaften IT-Firmen (Amazon, Google, IBM, Microsoft) getragenen Initiative hinter sich. Gründe hierfür sind die einfache Erstellung gekapselter Laufzeitumgebungen für komplexe Anwendungen und deren – verglichen mit virtuellen Maschinen – ressourcenschonende Ausführung.

Populäre IT-Werkzeuge aus dem TMF-Umfeld bereits „dockerisiert“

Im Rahmen des Dockerbank-Projekts wurden Softwareentwicklungen aus TMF-Projekten sowie weitere im Kreis der TMF-Mitglieder populäre IT-Werkzeuge als Docker-Container realisiert und in einer zentralen Datenbank abgelegt. Damit können interessierte Dritte leichter als bisher TMF-Lösungen evaluieren und einsetzen, da deren komplexe Installation und Konfiguration erheblich erleichtert wird.

Grundlagen der Docker-Architektur in praktischen Übungen vertieft


 
Referent Sebastian Stäubert (IMISE Leipzig) führt in die praktischen Übungen zur Docker-Plattform ein.
 
Im aktuellen Workshop wurden der Community nach einer Begrüßung durch Dr. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen) und Matthias Löbe (IMISE Leipzig) zunächst die Grundlagen der Docker-Architektur und die basalen Konzepte vermittelt. Daraufhin stellte Christian Bauer (Universitätsmedizin Göttingen) in seinem Vortrag die dockerisierten Lösungen aus dem TMF-Umfeld vor. Einen besonderen Schwerpunkt bildeten die Docker-Container des MOSAIC-Projekts, präsentiert von Martin Bialke (Universitätsmedizin Greifswald), welche sowohl singulär als auch orchestriert, d. h. im Verbund, eingesetzt werden können. Zum Abschluss des theoretischen Teils wurden fortgeschrittene Szenarien und Best-Practices diskutiert.

Nach den theoretischen Ausführungen folgten praktische Übungen zur Vertiefung der Inhalte. Während Sebastian Stäubert (IMISE Leipzig) die Teilnehmer zuerst durch ein vorbereitetes Szenario führte, wurden im zweiten Teil Übungen auf einer von Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen) vorbereiteten virtuellen Maschine gelöst.

Teilnehmer fragen weiterführende Schulungen nach

Die Teilnehmer des Workshops äußerten in einer Abschlussdiskussion den Bedarf an weitergehenden Schulungen. Dies betrifft sowohl die Thematik der Zusammenschaltung von Docker-Containern, auch „Orchestrierung“ genannt, als auch Aspekte des Routinebetriebs wie Überwachung, Logging, Sicherheit und Backups. Außerdem wurde besprochen, welchen Einfluss Docker auf zukünftige Informationsarchitekturen der medizinischen Forschung und Versorgung, an einzelnen Standorten haben wird, beispielsweise auch in den Datenintegrationszentren, die im Rahmen der Medizininformatik-Initiative des BMBF aufgebaut werden sollen.


Weitere Informationen 

  1. Dowload des Programmflyers [PDF | 219 kB]

Vorträge des Workshops:

  1. Dr. med. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen), Matthias Löbe (IMISE Leipzig): Begrüßung u. Einführung [PDF | 416 kB]
  2. Mattias Löbe (IMISE Leipzig): Grundlagen der Container-Virtualisierung [PDF | 1 MB]
  3. Christian Bauer (Universitätsmedizin Göttingen), Dr. med. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen): Vorstellung von Containern biomedizinischer IT-Lösungen [PDF | 1,1 MB]
  4. Martin Bialke (Universitätsmedizin Greifswald): Vorstellung von Containern u. Orchestrierung am Beispiel der "MOSAIC Toolbox for Research" [PDF | 1,1 MB]
  5. Dr. med. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen): Rahmenbedingungen u. Best Practices beim Betrieb von Containerlösungen [PDF | 347 kB]

Übungen des Workshops:

  1. Sebastian Stäubert (Universität Leipzig), Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen): Installation der Docker-Plattform und Nutzung vorhandener Container [PDF | 571 kB]
  2. Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen), Sebastian Stäubert (Universität Leipzig): Erstellung eigener Container,Orchestrierung von Containern [PDF | 461 kB]

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