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Docker für Fortgeschrittene: Vom Testen und Ausprobieren zum produktiven Einsatz

TMF-Workshop vertieft Umgang mit Docker-Containern in der medizinischen Forschung

08.12.2016. Docker bezeichnet eine junge, aber schon weit verbreitete Technologie zur leichtgewichtigen Virtualisierung von IT-Anwendungen. Ein TMF-Workshop, der am 7. Dezember 2016 in Berlin stattfand, führte fortgeschrittene Teilnehmer in eine vertiefte Nutzung der Docker-Container ein. Schwerpunkte des Workshops lagen auf der Orchestrierung verschiedener Container, Szenarien des Routinebetriebs sowie dem Einsatz von Verwaltungslösungen wie z.B. Google Kubernetes.

Ein TMF-Projekt beschäftigt sich seit Ende 2015 mit der Evaluation und dem Einsatz der Docker-Technologie im Kontext der biomedizinischen Forschung. In diesem Rahmen ließen sich zahlreiche Tools in Docker-Container überführen, um diese Forschern und IT-Verantwortlichen in neuer Form und mittels eines Docker-Hubs bereitzustellen. Zu den „dockerisierten“ Tools zählen u.a. i2b2, tranSMART, der TMF-PID-Generator, Tools des MOSAIC-Projekts der Universitätsmedizin Greifswald sowie die Open-Source-Software OpenClinica.

TMF-Workshops verhelfen Docker-Technologie zur weiteren Verbreitung im Forschungsumfeld  

Ein weiteres Ergebnis des TMF-Docker-Projekts ist ein Schulungskonzept, das im September 2016 während eines ersten Workshops erprobt wurde. Dieser Schulungsworkshop gab interessierten Personen aus unterschiedlichen Forschungseinrichtungen Deutschlands die Möglichkeit, sich anhand kurzer Einführungen und praktischer Übungen mit der Docker-Technologie vertraut zu machen. Ein Ergebnis war, dass auch Bedarf an einer weitergehenden Schulung besteht, die Themen behandelt, die für den produktiven Einsatz wichtig sind. Diesem Bedarf wurden mit dem aktuellen Workshop entsprochen.

Die Durchführung beider Workshops sowie die „Dockerisierung“ populärer Tools haben bereits in kurzer Zeit zu einem umfangreichen Know-how und einer effizienten Auseinandersetzung mit dieser neuen Technologie im Umfeld der akademischen medizinischen Forschung geführt. Das große Interesse an den bisherigen Veranstaltungen und der dynamische Verlauf der weiteren Entwicklung dieser noch jungen Technologie sprechen für eine weitergehende konzertierte Auseinandersetzung mit der Docker-Technologie.  


Weiterführende Informationen

  1. Programmflyer [PDF | 241 kB]
  2. Nachbericht zum Dockerbank-Einführungsworkshop am 9. September 2016
  3. Website des TMF-Dockerbank-Projekts
  4. TMF-Docker-Hub
  5. offizielle Docker-Website
  6. offizielle Google-Kubernetes-Website

Vorträge des Workshops:

  1. Dr. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen), Matthias Löbe (IMISE Leipzig): Block 1 − Begrüßung & Einführung [PDF | 515 KB]
  2. Benjamin Baum, Christian Bauer (Universitätsmedizin Göttingen): Block 2 − Komplexbeispiel [PDF | 1 MB]
  3. Benjamin Baum, Christian Bauer (Universitätsmedizin Göttingen): Block 2 − Handout zur praktischen Übung [PDF | 370 KB]
  4. Jens Piegsa (Universitätsmedizin Greifswald): Block 3 − Szenarien des Routinebetriebs [PDF | 7,4 MB]
  5. Matthias Löbe, Sebastian Stäubert (IMISE Leipzig): Block 4 − Fortgeschrittene Werkzeuge [PDF | 650 KB]
  6. Matthias Löbe, Sebastian Stäubert (IMISE Leipzig): Block 4 − Handout zur praktischen Übung [PDF | 50 KB]

 

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Interview: Deutschland verliert den Anschluss in der genomischen Medizin

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