Datenmanagement und -integration mit tranSMART
Plattform zur Auswertung von phänotypischen und genotypischen Daten der TMF-Community präsentiert
09.08.2016. In Projekten der vernetzten medizinischen Forschung
werden Daten oft aus unterschiedlichen Quellen, mit unterschiedlichen Prozessen
und an unterschiedlichen Standorten erhoben und zusammengeführt. Diese besser
verfügbar zu machen und langfristig bereitzustellen, um eine reproduzierende
Auswertung zu ermöglichen, ist eine wichtige Aufgabe für die medizinische
Informatik. Die Plattform tranSMART, die aktuell an den Standorten Erlangen,
Göttingen, Heidelberg und Kiel im Einsatz ist, erlaubt solche Auswertungen und
wurde während eines TMF-Workshops am 5. August 2016 in Berlin vorgestellt. Dabei
bietet die Plattform den Vorteil, nicht nur klinische, sondern auch genomische
Daten zu unterstützen.
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Prof. Dr.
Ulrich Sax |
Mithilfe ihrer grafischen Oberfläche bietet die Plattform
tranSMART die Möglichkeit, schnell einen Überblick über vorhandene Datensätze
zu erhalten und die Daten zu visualisieren. Dabei können diese Analysen auch
der frühzeitigen Qualitätssicherung der Dokumentation oder der Generierung
neuer Forschungshypothesen dienen. Während seiner Einführung zum Workshop
betonte Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen), dass er von der
Leistungsfähigkeit der Plattform überzeugt sei. „Gleichwohl kann tranSMART
nicht zaubern“, schränkte er ein. „Vielmehr ist weiterhin die Expertise von
medizinischen Informatikern, Statistikern und Epidemiologen erforderlich, um
valide und nachprüfbare Analysen zu gewährleisten.“ Auch Regeln, d. h. Access-and-Use-Policies,
die bestimmen, welche Auswertungen der Forscher mit den vorliegenden Daten
vornehmen kann und welche nicht, seien zentral für den Einsatz einer solchen
Plattform in Forschungsprojekten, so Sax.
Vorteil gegenüber i2b2
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Kees van Bochove
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Auch die Plattform „Informatics for Integrating Biology and
the Bedside“ (i2b2) ist ein Werkzeug zur interaktiven Exploration und
Auswertung von Daten. Sie hat gegenüber tranSMART allerdings den Nachteil, dass
sie derzeit keine genomischen Daten unterstützt, die im Zuge der Systemmedizin zunehmend
an Bedeutung gewinnen. „Auf lange Sicht wäre es aber wünschenswert, dass i2b2
und tranSMART zusammenwachsen“, sagte Sax.
Diesen Wunsch teilte auch Kees van Bochove (The Hyve, Utrecht/Niederlande), der
die nächsten großen Entwicklungsstufen von tranSMART erläuterte, die durch die tranSMART
Foundation geplant sind.
tranSMART als
Einstieg für systembiologische Analysen
Einen Einblick in die Welt jenseits der Datenintegration und
reinen Datenpräsentation gaben Reinhard Schneider und Sascha Herzinger von der
Universität Luxemburg. In der Systemmedizin wird tranSMART als Einstieg
verwendet, um Daten zu ausgewählten Patienten im Kontext bekannter
systembiologischer Pathways hinsichtlich der aktuellen Literatur beurteilen zu
können.
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| Der
Workshop vermittelte den Teilnehmern sowohl grundlegende Konzepte der
tranSMART-Plattform als auch fortgeschrittene Themen. Außerdem bot er die
Gelegenheit, die Plattform anhand eines praktischen Szenarios zu erproben.
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Weitere Informationen
- Download des Programmflyers (Stand: 19.07.2016) [PDF | 1,2 MB]
Vorträge des Workshops:
(Ggf. wurden Abbildungen aus urheberrechtlichen Gründen
entfernt)
- Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen): Einführung in die tranSMART-Plattform [PDF | 5 MB]
- Kees van Bochove (The Hyve, Utrecht/Niederlande): tranSMART Architecture and Roadmap [PDF | 7 MB]
- Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen): Open Data Analytics – Gefahren durch p-Hacking
- Reinhard Schneider (Universität Luxemburg): tranSMART and beyond [PDF | 2,5 MB]
- Sascha Herzinger (Universität Luxemburg): SmartR – Dynamic Visual Analytics in TranSMART [PDF | 806 kB]
- Christian Knell (Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg): Import und Repräsentation hochdimensionaler Daten [PDF | 424 kB]
- Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen): Beispiele zu Daten aus der Routineversorgung (§ 21 KHEntG, Intensivmedizin) und aus der Forschung (Mikrobiom) [PDF | 860 kB]
Übungen des Workhops:
- Übungsteil 1 [PDF | 887 kB]