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Termindetails

TMF-Tutorials

Termin: Dienstag, 1. Dezember 2020, 08:30 - Mittwoch, 2. Dezember 2020, 18:30

 

 

Am 01. und 02. Dezember 2020 finden im Rahmen der TMF-Akademie verschiedene Hands-On-Tutorials zu Themen und Tools der medizinischen Verbundforschung in Berlin und Online statt. Die Tutorials widmen sich den folgenden Themen:

 

Ganztägige Tutorials am 01. Dezember:


Systemvalidierung: Das Validierungspaket der TMF | 9.30 - 18.30 Uhr (Online)

Referent: Ronald Speer (Universität Leipzig)

Kosten:
TMF-Mitglieder: 220 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 370 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 770€

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Keine

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Keine

Die Validierung von IT-Systemen ist eine zentrale Anforderung aller behördlichen Auflagen in der medizinischen Forschung. Ohne eine lückenlose und gut dokumentierte Validierung können IT-Systeme nicht compliant sein und damit nicht die Qualität aufweisen, die die Regularien fordern. Der komplexe Prozess der Validierung setzt spezielles Wissen über die eingesetzte Hard- und Software sowie die gesamte IT-Infrastruktur voraus und erfordert die regelmäßige Beobachtung von gesetzlichen Anforderungen und Sicherheitsvorkehrungen für neue Technologien. Ein Forschungsprojekt muss nachweisen, dass die Validität der Systeme über die gesamte Einsatzdauer aufrechterhalten werden kann. Das Tutorial bietet eine Einführung in das Validierungspaket der TMF, das zusammen mit einem Validierungsmasterplan und entsprechenden Dokumenten sowie einem zugehörigen Schulungskonzept in einem TMF-Projekt erarbeitet worden ist.


 

KNIME - Entwicklungsumgebung für Datenworkflows | 9.30 - 18.30 Uhr (Präsenz)

Referenten:  Dr. Manuel Nietert, Liza Vinhoven (Medizinische Bioinformatik Universität Göttingen)

Kosten:
TMF-Mitglieder: 250 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 400 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 800 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Programmierkenntnisse sind explizit nicht vorausgesetzt

Mitzubringende Arbeitsmaterialien der Teilnehmenden: Ein WLAN-fähiges Laptop

Die Benutzer sollen im Kurs ein generell anwendbares Software-Tool im Bereich DataScience kennenlernen und die ersten Schritte damit gehen können.Nach einer kurzen Einführung in das System und dem theoretischen Hintergrund werden wir sehr praxisnah mittels geführter Übungsaufgaben in die Benutzung dieser grafischen Workflow Plattform einweisen und die Möglichkeiten des Open Source Systems erörtern, u.a. für die Handhabung diverser biomedizinischer Forschungsdaten und anderer online verfügbarer Resourcen um die Auswertungen an den Beispieldaten durchzuführen. Hierbei werden wir ihnen genug theroretischen Hintergund geben, damit sie verstehen, was und wieso sie etwas in diesem Kurs tun.

Mehr Informationen zu KNIME https://www.toolpool-gesundheitsforschung.de/produkte/knime-analytics-platform.
 

 

Datenschutz in der medizinischen Forschung | 9.30 - 16.30 Uhr (Präsenz)

Referenten: Prof. Dr. Klaus Pommerening (IZKS Mainz), Dr. Johannes Drepper (TMF)

Kosten:
TMF-Mitglieder: 250 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 400 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 800 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Keine

Mitzubringende Materialien: Keine

Die Konferenz der Datenschutzbeauftragten des Bundes und der Länder hat 2014 die Verwendung des TMF-Datenschutzleitfadens für medizinische Forschungsprojekte empfohlen. Das Tutorium bietet dazu eine Anleitung für Einsteiger. Präsentiert werden die verschiedenen Arten medizinischer Forschung mit den jeweils dafür zu beachtenden gesetzlichen Grundlagen, insbesondere bei langfristiger Nutzung von Daten oder Proben. Berücksichtigt wird dabei die EU-Datenschutzgrundverordnung sowie die Anpassung des nationalen Rechtsrahmens an diese Verordnung. Zudem wird das Beratungsangebot der TMF zur Erstellung konkreter Datenschutzkonzepte vorgestellt und ein Ausblick auf die aktuell gestartete Überarbeitung des TMF-Datenschutzleitfadens gegeben. Das Tutorial führt somit in das Thema Datenschutz ein und bietet eine gute Grundlage für spezialisierte Tutorials.

 

Halbtägiges Tutorial am 01. Dezember:


Pseudonymisierung und Authentifizierung in medizinischen Forschungsverbünden mittels der MAGIC-Werkzeuge | 9.30 - 13.30 Uhr (Online)

Referenten: Moanes Ben Amor, Dr. David Croft (Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg, Abt. Verbundinformationssysteme)

Kosten:
TMF-Mitglieder: 100 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 175 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 375 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Keine

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Ein WLAN-fähiges Laptop und für den praktischen Teil einen Laptop mit bereits vorinstalliertem Docker (https://docs.docker.com/install).

Eine zentrale Voraussetzung für den sicheren Betrieb kleiner und großer Forschungsnetze ist die rechtskonforme Verwaltung von Identitäten der Probanden oder Patienten, die anhand ihrer identifizierenden Daten standortübergreifend zu verbinden sind (fehlertolerantes Record Linkage, Pseudonymisierung). Neben Patienten sind aber auch die Identitäten und Rechte der Nutzer zu verwalten (Authentifizierung, Autorisierung).

Vorgestellt werden einerseits konkrete Anwendungen aus großen Forschungsnetzen. Der praktische Teil des Tutorials führt andererseits in die Verwendung der Mainzelliste (Identitätsmanagement) und Samply.Auth (Authentifizierungsdienst) ein, die dank DFG-Förderung in MAGIC die TMF-Datenschutzkonzepte umsetzen. Download und Informationen unter www.toolpool-gesundheitsforschung.de.

 

Ganztägige Tutorials am 02. Dezember:


Einwilligungs- und Pseudonymisierungsmanagement: Lösungsbaustein DSGVO-konformer Arbeit mit Patientendaten | 9.30 bis 16.30 Uhr (Präsenz)

Referenten: Lars Geidel , Christopher Hampf (Institut für Community Medicine / Abt. Versorgungsepidemiologie und Community Health - Universität Greifswald)

Kosten:
TMF-Mitglieder: 250 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 400 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 800 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Keine

Mitzubringende Materialien: Ein WLAN-fähiges Laptop und SoapUI Open Source sollte vorinstalliert sein (https://www.soapui.org/)

Die Nutzung medizinischer Forschungsdaten erfordert im Regelfall eine zweckbezogene Einwilligung und bedingt deren zuverlässige digitale Verwaltung. Dabei ist es für die Zusammenführung von Teildatensätzen zudem erforderlich, Patienten korrekt zu identifizieren, über Episoden und Einrichtungen hinweg wiederzuerkennen sowie anwendungsspezifische Pseudonyme zu verarbeiten. Der Lösungsbaustein gICS (Einwilligungsmanagement) wird neben den weiteren Werkzeugen E-PIX (Record Linkage) und gPAS (Pseudonymisierung) bereits erfolgreich in medizinischen Forschungsvorhaben wie MIRACUM, NAKO, DZHK und DFPN praktisch betrieben und ist dabei in heterogene Infrastrukturen eingebunden.

Die Teilnehmer erhalten einen Überblick zu Konfiguration sowie Möglichkeiten der Systemintegration. Dabei wird auch auf das Zusammenspiel mit den Softwaretools E-PIX und gPAS, als auch aktuelle Möglichkeiten zur Tablet-basierten Erhebung von Einwilligungen im Routinebetrieb eingegangen. Sie lernen technische und organisatorische Zusammenhänge kennen und einzuordnen. Die vorgestellten Open Source Werkzeuge sind unter demo.ths-greifswald.de online ausprobierbar.

 

 

Einstieg in Electronic Data Capture mit REDCap | 9.30 - 18.30 Uhr (Präsenz)

Referenten: Dr. Peter Brunecker (Charité / Berlin Institute of Health), Andreas Hetey (Berlin Institute of Health, Clinical Research Unit), Michael Krämer (Charité / Center for Stroke Research Berlin)

Kosten:
TMF-Mitglieder: 250 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 400 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 800 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Keine

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Ein WLAN-fähiges Laptop mit einem aktuellen Webbrowser (z. B. Chrome oder Firefox) und LibreOffice oder OpenOffice. Außerdem wird ev. RStudio für den Advanced-Teil benötigt. WLAN wird über eduroam verfügbar sein.

REDCap ist eine anwenderfreundliche Webapplikation zur Erstellung und Verwaltung von Online-Umfragen und Datenbanken, insbesondere für medizinische und translationale Forschungsprojekte. Es wird an der Vanderbilt University (USA) entwickelt und über das internationale REDCap-Konsortium bereitgestellt, welches mittlerweile tausende Institutionen in mehr als hundert Ländern umfasst. Ziel des Workshops ist die Erstellung eines REDCap-Projekts für eine Longitudinal-Studie mit mehreren Events. Dazu sollen mehrere Fragebögen mit einzelnen Fragen (Items) erstellt und hinterher mit Hilfe einer Dateneingabe getestet werden. Neben der Vorstellung von REDCap wird auch auf die Rahmenbedingungen eines Einsatzes eingegangen.Je nach zeitlicher Verfügbarkeit kann auf weitere Themen wie Surveys, die Erstellung von Reports, Import- und Exportmöglichkeiten, die Anbindung von externen Programmen via API usw. eingegangen werden.

 

 

Einführung und erste Schritte in HL7 FHIR | 9.30 - 18.30 Uhr (Online)

Referenten: Julian Saß, Andrea Essenwanger (Berlin Institute of Health (BIH))

Kosten:
TMF-Mitglieder: 220 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 370 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 770 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Anfänger, keine bis wenige Erfahrungen mit FHIR, keine Programmiererfahrungen notwendig

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Laptop, Postman, Python IDE optional, weitere vorinstallierte Packages für die Durchführung der praktischen Übungen würden wir rechtzeitig vor der Veranstaltung auflisten und mit den dazu gehörigen Installationsschritten verteilen.

Das Tutorial startet mit einer grundlegenden Einführung in den FHIR Standard und setzt somit auch keine Vorkenntnisse voraus. Als erstes soll die Kernspezifikation vorgestellt werden, um das Gelernte anschließend in praktischen Übungen mit Postman und Python anzuwenden. Die Teilnehmer bekommen die Möglichkeit ihre eigenen FHIR Ressourcen zu erstellen, um diese dann mit Hilfe der FHIR REST API untereinander zu auszutauschen. Im zweiten Teil des Tutorials wird näher auf die FHIR Search API und das FHIR Terminologie Framework eingegangen. Zuletzt bearbeiten wir FHIR Use-Cases, wie die Implementierungsleitfäden der Medizininformatik Initiative (MII).

 

Halbtägiges Tutorial am 02. Dezember:


Grundlagen und Anwendungserfahrungen zu SNOMED CT | 9.30 - 13.30 Uhr (Online)

Referenten: Cora Drenkhahn, Josef Ingenerf (Universität zu Lübeck), Pero Grgic (eHealth Suisse)

Kosten:
TMF-Mitglieder: 100 €
Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 175 €
Nicht-Mitglieder Industrie: 375 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen / Fachkenntnisse: Grundlegende Kenntnisse zu semantischer Interoperabilität und zu SNOMED CT wünschenswert

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Computer mit Internetverbindung zum Nachvollziehen/Bearbeiten der Anwendungsbeispiele

Die eindeutige Kodierung von medizinischen Fachinhalten erfordert eine umfassende und bereichsübergreifende Terminologie. Die derzeit umfassendste Terminologie stellt SNOMED CT („Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms“) dar, welche als internationaler Standard etabliert ist und eine Sicherstellung der semantischen Interoperabilität ermöglicht. Seit Mitte März ist SNOMED CT auch in Deutschland im Rahmen der Medizininformatik-Initiative (MII) verfügbar. Das Tutorial liefert im ersten Teil einen Überblick über SNOMED CT, wobei zunächst die Komponenten und grundlegenden Prinzipien unter Einbeziehung praktischer Beispiele erläutert werden. Aufbauend hierauf sollen auch komplexere Inhalte zur Sprache kommen, insbesondere die ontologischen Aspekte von SNOMED CT betreffend, sowie eine Gegenüberstellung mit Klassifikationen wie ICD-10. Ein weiterer Themenpunkt ist die Erweiterbarkeit sowie die Möglichkeit zur Übersetzung und Anpassung an nationale/lokale Anforderungen.

Der zweite Teil des Tutorials setzt sich mit den Anwendungserfahrungen bei der Implementierung von SNOMED CT in der Schweiz auseinander. Seit 2016 ist die Schweiz Mitglied bei IHTSDO und arbeitet in verschiedenen internationalen Arbeitsgruppen an der Weiterentwicklung von SNOMED CT mit. Seit dem Beitritt wurden über 100 Lizenzen in der Schweiz verteilt und in verschiedenen Projekte ist SNOMED CT bereits im Einsatz. Erfahrungen im Einsatz von SNOMED CT wurden gesammelt in nationalen Projekt elektronisches Patientendossier. Der Entschluss zum Beitritt bei IHTSDO, die Verwendung, Entwicklung und Verbreitung von SNOMED CT in der Schweiz sowie die Anwendungserfahrungen bei der Implementierung im Rahmen des nationalen elektronischen Patientendossiers werden in diesem Tutorial behandelt.

 

  1. Zur Anmeldung

 

Ort der Präsenzveranstaltungen:

Geschäftsstelle der
TMF - Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.V.
Charlottenstraße 42
10117 Berlin
 

Ansprechpartner:

Juliane Gehrke (Veranstaltungsmanagement)
Tel.: 030 / 22 00 24 717
E-Mail: juliane.gehrke@tmf-ev.de
 

Knut Kaulke (Programm / Inhalte)
Tel.: 030 / 22 00 24 749
E-Mail: knut.kaulke@tmf-ev.de


 
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