(Letzte Aktualisierung: 23.11.15)
V091-01M IDRT1 / V091-02M IDRT2
Integrated Data Repository Toolkit
[TMF-Projekt | abgeschlossen] Die Aufgabe des Projekts lag in der Erstellung und Testung von Instrumenten und Methoden zur Integration und Bereitstellung verteilter und heterogener Datenbestände für die klinische und translationale Forschung.
Ziel des Vorhabens war der Aufbau einer nachhaltig nutzbaren und datenschutzkonformen Plattform für die Integration heterogener
Datenbestände in der klinischen und translationalen Forschung. Die
Zusammenführung und standardisierte Aufbereitung erlaubt eine
langfristige Nachnutzung der erhobenen Forschungsdaten. Hierzu sollten
bewährte vorhandene Architekturen an die Bedürfnisse der vernetzten
medizinischen Forschung in Deutschland angepasst und zu einem nahtlosen
Prozess integriert werden.
In medizinischen Forschungsverbünden und an den deutschen
Universitätskliniken wurden in den letzten Jahren eine Vielzahl von
Forschungsdatenbanken aufgebaut. Diese Datenbestände besitzen über ihren
ursprünglichen Forschungszweck hinaus ein großes Nachnutzungspotenzial
für aktuelle und zukünftige Forschungshypothesen.
Mit dem hier beantragten Projekt sollte, basierend auf frei verfügbaren
IT-Komponenten, die in den letzten Jahren in TMF- bzw. BMBF-Projekten
entstanden sind, der Aufbau einer generischen Methodik und einer
nachhaltig nutzbaren und datenschutzkonformen Plattform für die
Zusammenführung, Abfrage und Visualisierung heterogener Datenbestände in
einem Data Warehouse geschaffen werden. Als Kernkomponente zur
generischen Datenhaltung und Datenabfrage wurde das Open Source System
i2b2 in das zu entwickelnde "Integrated Data Repository Toolkit (IDRT)"
eingebettet. Für den ETL-Prozess wurde das Open Source Produkt
Talend Open Studio verwendet. Zur Verwendung standardisierter
Datenitems wird auf die Ergebnisse des BMBF-Projekts Metadata Repository
zurückgegriffen. Zur Wahrung der Patientenrechte und des Datenschutzes
wird der TMF PID-Generator in den ETL-Prozess integriert.
Durch die konsequente Nutzung von Open-Source Komponenten und
projektbegleitende Maßnahmen der Dissemination wird die Voraussetzung
für eine dauerhafte Community-Nutzung über Verbünde aus der TMF hinaus
geschaffen.
Ein erster Projektabschnitt (V091-01M IDRT1) wurde im Juni 2013 abgeschlossen. Alle Ergebnisse stehen öffentlich und frei zur Verfügung.
In einem Folgeprojekt wurde für die Einbettung von Terminologien ein
Ontologie-Editor entwickelt, der das komfortable Mapping vorhandener Kataloge und Terminologien auf die Ontologie-Funktion von i2b2 erlaubt.
Weitere Informationen und alle Ergebnisse des Projekts finden Sie auf der Projektwebsite.
Projektzeitraum
V091-01M IDRT1: 01/2012 - 06/2013
V091-02M IDRT2: 07/2013 - 03/2014
Bewilligte Mittel
V091-01M IDRT1: 177.570 €
V091-02M IDRT2: 124.598 €
Projektpartner
Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch (Projektleitung IDRT1)
Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg
Lehrstuhl für Med. Informatik
Krankenhausstraße 12
91054 Erlangen
E-Mail
Prof. Dr. Ulrich Sax (Projektleitung IDRT2)
Universitätsmedizin Göttingen
Robert-Koch-Str. 40
37075 Göttingen
E-Mail
Prof. Dr. Alfred Winter
Universität Leipzig
Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie
Härtelstr. 16-18
04107 Leipzig
E-Mail
Ansprechpartner in der Geschäftsstelle
Dr. Johannes Drepper
Tel.: 030 - 22 00 24 740
E-Mail
