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(Letzte Aktualisierung: 23.11.15)

V091-01M IDRT1 / V091-02M IDRT2

Integrated Data Repository Toolkit

[TMF-Projekt | abgeschlossen] Die Aufgabe des Projekts lag in der Erstellung und Testung von Instrumenten und Methoden zur Integration und Bereitstellung verteilter und heterogener Datenbestände für die klinische und translationale Forschung.

Ziel des Vorhabens war der Aufbau einer nachhaltig nutzbaren und datenschutzkonformen Plattform für die Integration heterogener Datenbestände in der klinischen und translationalen Forschung. Die Zusammenführung und standardisierte Aufbereitung erlaubt eine langfristige Nachnutzung der erhobenen Forschungsdaten. Hierzu sollten bewährte vorhandene Architekturen an die Bedürfnisse der vernetzten medizinischen Forschung in Deutschland angepasst und zu einem nahtlosen Prozess integriert werden.

In medizinischen Forschungsverbünden und an den deutschen Universitätskliniken wurden in den letzten Jahren eine Vielzahl von Forschungsdatenbanken aufgebaut. Diese Datenbestände besitzen über ihren ursprünglichen Forschungszweck hinaus ein großes Nachnutzungspotenzial für aktuelle und zukünftige Forschungshypothesen.

Mit dem hier beantragten Projekt sollte, basierend auf frei verfügbaren IT-Komponenten, die in den letzten Jahren in TMF- bzw. BMBF-Projekten entstanden sind, der Aufbau einer generischen Methodik und einer nachhaltig nutzbaren und datenschutzkonformen Plattform für die Zusammenführung, Abfrage und Visualisierung heterogener Datenbestände in einem Data Warehouse geschaffen werden. Als Kernkomponente zur generischen Datenhaltung und Datenabfrage wurde das Open Source System i2b2 in das zu entwickelnde "Integrated Data Repository Toolkit (IDRT)" eingebettet. Für den ETL-Prozess wurde das Open Source Produkt Talend Open Studio verwendet. Zur Verwendung standardisierter Datenitems wird auf die Ergebnisse des BMBF-Projekts Metadata Repository zurückgegriffen. Zur Wahrung der Patientenrechte und des Datenschutzes wird der TMF PID-Generator in den ETL-Prozess integriert.

Durch die konsequente Nutzung von Open-Source Komponenten und projektbegleitende Maßnahmen der Dissemination wird die Voraussetzung für eine dauerhafte Community-Nutzung über Verbünde aus der TMF hinaus geschaffen.

Ein erster Projektabschnitt (V091-01M IDRT1) wurde im Juni 2013 abgeschlossen. Alle Ergebnisse stehen öffentlich und frei zur Verfügung.

In einem Folgeprojekt wurde für die Einbettung von Terminologien ein Ontologie-Editor entwickelt, der das komfortable Mapping vorhandener Kataloge und Terminologien auf die Ontologie-Funktion von i2b2 erlaubt.

Weitere Informationen und alle Ergebnisse des Projekts finden Sie auf der Projektwebsite.

   

Projektzeitraum

V091-01M IDRT1: 01/2012 - 06/2013

V091-02M IDRT2: 07/2013 - 03/2014

 

Bewilligte Mittel

V091-01M IDRT1: 177.570 €

V091-02M IDRT2: 124.598 €

 

Projektpartner

Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch (Projektleitung IDRT1)

Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg
Lehrstuhl für Med. Informatik
Krankenhausstraße 12
91054 Erlangen
E-Mail


Prof. Dr. Ulrich Sax (Projektleitung IDRT2)

Universitätsmedizin Göttingen
Robert-Koch-Str. 40
37075 Göttingen

E-Mail


Prof. Dr. Alfred Winter

Universität Leipzig
Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie
Härtelstr. 16-18
04107 Leipzig
E-Mail

   

Ansprechpartner in der Geschäftsstelle

Dr. Johannes Drepper

Tel.: 030 - 22 00 24 740
E-Mail

  


Ergebnisse

Folgende Ergebnisse aus dem Projekt stehen als Produkt frei zur Verfügung (weitere Produkte finden Sie in der Produktübersicht):

Integrated Data Repository Toolkit

Werkzeuge für die Datenintegration im i2b2-System

 
   
Werkzeug-Set, das die Zusammenführung von Daten aus Krankenversorgung, klinischer und biomedizinischer Forschung über die Grenzen von Institutionen und Standorten hinweg unter Nutzung des modularen Open Source Systems i2b2 (Informatics for Integrating Biology and the Bedside) unterstützt. Das „Integrated Data Repository Toolkit“ (IDRT) bietet eine Anpassung von i2b2 an die Anforderungen in Deutschland sowie zusätzliche Unterstützung, beispielsweise mit einem Installations-Wizard, mit Werkzeugen für die Extraktion und für die Aufbereitung und Visualisierung der Daten sowie für Supportfunktionen. Ein Ontologie-Editor ermöglicht die Einbettung von Terminologien. Über eine Schnittstelle ist auch der Import des Basisdatensatzes gemäß § 21 Krankenhausentgeltgesetz möglich. 

Download  |  URL  |  ©  |  Produkt-Nr. P101001

1. European i2b2 Academic User Meeting

 
00_Agenda_First-European-i2b2-Workshop    [pdf | 375,2 KB]
00_i2b2-Workshop-Welcome    [pdf | 2,3 MB]
01_IDRT-Platform_Architecture_Sebastian-Mate(Erlangen)    [pdf | 2,2 MB]
02_IDRT-Unlocking-Research_Christian-Bauer(Goettingen)    [pdf | 1,3 MB]
03_IDRT-Medical-Terminologies_Matthias-Loebe(Leipzig)    [pdf | 2,2 MB]
04_research-i2b2-data-integration-FSM-experience_Daniele-Segagni(Pavia)    [pdf | 3,4 MB]
05_ScreenVideo-BRISSKit_(Leicester)    [avi | 67,0 MB]
05_using-i2b2-in-cardiovascular-cohort-discovery_BRICCS_Holden(Leicester)    [pdf | 1,2 MB]
06_i2b2-SPARQL-Endpoint_Sajjad-Hussain(Paris)    [pdf | 1,7 MB]
07_i2b2_Datamart_Florian-Rißner(Jena)    [pdf | 2,8 MB]
08_Roogle-and-i2b2_Marc-Cuggia(Rennes)    [pdf | 1,1 MB]
08_ScreenVideo_Roogle-and-i2b2_Marc-Cuggia(Rennes)_1    [avi | 90,8 MB]
09_i2b2-translational-enginge-at-the-national-scale_Shawn-Murphy(Boston)    [pdf | 4,1 MB]
10_IDRT-hands-on-workshop_CSVODMSQL(Goettingen)    [pdf | 1,1 MB]
10_IDRT-hands-on-workshop_i2b2-wizard(Erlangen)    [pdf | 687,5 KB]
10_IDRT-hands-on-workshop_Paragraph-21(Erlangen)    [pdf | 179,9 KB]
10_IDRT-hands-on-workshop_Platform-Architecture(Erlangen)    [pdf | 2,0 MB]
10_IDRT-hands-on-workshop_Standardterminologien(Leipzig)    [pdf | 507,1 KB]
10_IDRT-hands-on-workshop_UseCaseDWH(Erlangen)    [pdf | 659,3 KB]
11_Research-Platform-in-Erlangen_Thomas-Ganslandt(Erlangen)    [pdf | 2,2 MB]
12_cardio-and-onco-i2b2-as-platforms-for-translational-research_Riccardo-Bellazzi(Pavia)    [pdf | 30,2 MB]
13_15-years-with-integrated-clinical-information-system-at-Pompidou-University-hospital_Patrice-Degoulet(Paris)    [pdf | 5,4 MB]

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