Curated database of candidate therapeutics for the activation of CFTR-mediated ion conductance - CandActCFTR

CandActCFTR ist ein Pilotprojekt zum Aufbau einer Datenbank von Kandidatinnen und Kandidaten für Mukoviszidose-Therapeutika zur Aktivierung der CFTR-vermittelten Ionen­leit­fähig­keit, um Daten aus öffentlich zugänglichen Quellen, unveröffentlichte Primärdaten und Erkenntnisse aus Screening-Bemühungen zusammenzuführen. Die gewonnenen Informationen über getestete Substanzen werden die Identifizierung der viel­ver­sprechends­ten Kandidatinnen und Kandidaten für zukünftige Therapeutika ermöglichen. CandActCFTR soll demonstrieren, dass die gemeinsame Analyse von Daten für eine zielgerichtete pharmakologische Anwendung erfolgreich realisiert werden kann, während gleichzeitig die geistigen Eigentumsrechte jeder einzelnen Forscherin und jedes einzelnen Forschers respektiert werden.

Aktivitäten und Fortschritt 2020

• Einbindung von Ähnlichkeits­suchen für Liganden
• Verbesserung der GUI
• Integration von KNIME als Teil des Backends
• Erstellung eines Systembiologie­models nach MIRIAM-Standard
• Konzept eines Erklärfilms
   

Aktivitäten und Fortschritt 2021

• Einbau der Systembiologiemodellierung nach MIRIAM-Standard in die GUI
• Erstellung des Zielstruktur­datenbankmoduls
• Start des Virtuellen Screenings mit Annotation der Datenbank mit den Ergebnissen
• Erstellen einer Text­mining­pipeline für die automatische Vorbereitung des Kurationsprozesses
• Erklärfilm zur Software veröffentlicht
   

Aktivitäten und Fortschritt 2022 

• Einbau der System­biologie­modellierung nach MIRIAM-Standard in die GUI 
• Erstellung des Ziel­struktur­daten­bank­moduls 
• Start des virtuellen Screenings (Bindestellen­vorhersagen und Docking) mit Annotation der Datenbank mit den Ergebnissen (Ligand mit Zielstruktur(en)) 
• Fertigstellung eines Videos, dass die Projektstrategie CandActBase und deren Umsetzung beschreibt 
• Erstellen einer Textmining­pipeline für die automatische Verarbeitung von Publikationsdaten für CandActBase 
• Nutzung des Moduls CandActBase für ENaC-aktivierende Substanzen (Use Case von CandActBase über CFTR hinaus) 
• Kooperationsarbeit mit den DFG-Projekten 3LGM2IHE und NMDR 

Aktivitäten und Fortschritt 2023

• Einbau der System­biologie­modellierung nach MIRIAM-Standard in die GUI 
• Erstellung des Ziel­struktur­daten­bank­moduls
• Durchführung des virtuellen Screenings (Binde­stellen­vorher­sagen und Docking) mit Annotation der Datenbank mit den Ergebnissen (Ligand mit Zielstruktur(en))
• Erweiterung einer Text-Mining­pipeline für die automatische Verarbeitung von Publikations­daten für CandActBase
• Nutzung des Moduls CandActBase für ENaC-aktivierende Substanzen (Use-Case von CandActBase über CFTR hinaus)
• Kooperationsarbeit mit den DFG-Projekten 3LGM2IHE und NMDR
• Auswahl von sieben Testsubstanzen für den CFTR-Anwendungsfall
• Versand und Testen der ausgewählten Substanzen bei sechs europäischen Kooperations­partnern (Workpackage „5X5“), ein Ergebnis liegt bereits vor

Ausblick 2024

• Fortsetzung des virtuellen Screenings auf andere Targets
• Erweiterung der Publikations­pipeline für die automatische Verarbeitung von Publikations­daten für CandActBase in den enthaltenen Abbildungen
• Schaffung von Möglichkeiten, die System­biologie­karten interaktiv u. a. nach verschiedenen Screening-Ergebnissen anfärben zu können und Verknüpfungen verschiedener Karten untereinander anzulegen
• Einbindung der Ziel­struktur­anzeige in das Webtool
• Abschluss der Tests der ausgewählten Substanzen bei sechs europäischen Kooperations­partnern (Workpackage „5X5“) und abschließende Auswertung

D135-01 CandActCFTR

Projektleitung: Dr. Manuel M. Nietert (Universitäts­medizin Göttingen), PD Dr. Frauke Stanke (Medizinische Hochschule Hannover) 
Projektzeitraum: 2016 – 2024
Bewilligte Mittel (Anteil TMF): siehe „Zentralprojekt zu DFG-Forschungs­projekten über die und mit der TMF“ 
Förderer: Deutsche Forschungs­gemeinschaft (DFG)
Förderkennzeichen: 315063128 (Projektnummer)